제주국립공원 지정을 위해서는 지역주민들이 영위하고 있는 생업에 지장을 초래하지 않도록 해야 하며 국립공원 구역에 편입되는 사유지를 매입하거나 합리적으로 보상할 수 있는 방안 마련이 필요한 것으로 나타났다. 기존 산악중심의 국립공원은 마을지구를 포함하고 있으나 제주국립공원은 마을주민들의 거주지역과 인접하고 있어 재산권 침해가 불가피하기 때문이다.

　제주연구원은 최근 '제주국립공원 지정 추진사업' 용역 최종보고서를 통해 기존 국립공원 구역에서 발생하는 민원의 대부분은 국립공원 지정으로 인한 형평성의 문제, 재산증식에 대한 기대욕구 및 일상생활에서의 불편함 등이었으므로, 이에 대한 주민불편을 해소하고 국립공원의 입지로 인한 마을발전과 주민소득 창출의 기회로 활용하는 방안을 제시할 수 있어야 한다고 밝혔다.

　제주국립공원은 한라산 주변지역을 포함한 육상지역에 7개 지구· 해상구역에 5개 지구를 계획하고 있다. 제주국립공원 지정시 제주지역 국립공원 면적이 제주도 전체 면적의 약 20%에 달하게 된다.

　제주연구원은 또 "제주국립공원으로 지정하고자 하는 대상 구역은 마을의 풍광을 형성하고 있는 중요한환경자산인 오름과 곶자왈을 포함하고 있으며, 해당 지역의 마을을 형성하는 중요한 요소로 작용하고있는 만큼 국립공원 지정으로 인한 이익이 현재 및 미래의 지역주민에게 환원될 수 있도록 문화적·자연적 자원 보전에 공원 예정구역과 마을을 연계해 관리할 수 있도록 해야 한다"며 "제주국립공원과 연계한 마을발전 지원사업 등을 체계적으로 추진하기 위해 국립공원 입장료를 징수하는 등 안정적인 재원확보 대책을 마련하는 것이 필요하다"고 밝혔다.

　또 "국립공원은 환경부장관이 지정·관리하도록 하고 있어 제주국립공원 관리.운영에 필요한 재원을 전액 국가가 부담하는 것이 바람직하다"며 "제주국립공원 입장료만으로 국립공원을 보전·관리하기에는 한계가 있으므로 제주국립 공원 보전.관리에 필요한 국가 예산을 계획대로 투입하고 입장료 징수액은 별도의 예산으로 특별 관리해 새로운 국립공원 관리모델을 창출하는데 쓰이도록 해야 한다"고 강조했다.

　특히 "제주국립공원은 섬지역의 특성을 반영해 한라산-중산간-연안-해안지역간 생태축을 구축하기 위한 것으로 기존의 산악형 국립공원과 해상형 국립공원 모델과는 다른 복합 국립공원으로 추진되고 있는 만큼 지역특성에 적합한 공원계획, 보전·관리계획 등을 수립해 추진할 수 있도록 법·제도를 개선할 필요가 있다"며 "제주국립공원의 경우 마을주민이 희망하는 곳 등을 중심으로 해당 마을의 특정지역에 대한 관리가 이루어질 수 있도록 '가칭'제주국립공원 마을특구 제도도입이 필요하다"고 제안했다.

　아울러 " 제주국립공원 지정에 따른 보전.관리 업무를 자연환경관리의 한정된 분야에 국한하지 않으며, 국립공원 주변지역의 체계적인 관리를 실현함으로써 진행형 국립공원으로 확대될 수 있도록 도정 전반의 관심제고와 함께 이를 실현할 수 있는 인력과 예산 등에 대한 뒷받침이 마련되어야 한다"며 " 제주국립공원 지정단계에서 가칭 제주국립공원지원단을 설치·운영하고 개원후에는 가칭 제주국립공원관리청을 설치·운영하는 것이 바람직하다. 공원관리청에는 2개국, 7개과 규모로 구성해 기존 한라산국립공원 및 세계자연유산본부 업무를 모두 관장해야 한다"고 제안했다.