정부가 매출액 1000억원 또는 자산 5000억원을 초과하는 대규모 조합법인에 대해 당기순이익 저율과세 대상에서 배제해 도내 농·감협등의 세부담이 가중될 것으로 보인다.

　9일 농협중앙회 제주지역본부에 따르면 정부는 지난 7월 농업부문의 조세감면 제도를 2년 연장하는 2020년 세법 개정안을 발표하고 부처협의 및 입법예고를 거쳐 지난 8월 25일 정부안을 최종 확정했다.

　정부의 세법개정안을 보면 매출액 1000억원 또는 자산 500억원을 초과하는 대규모 조합법인에 대해 당기순이익 저율과세 대상에서 제외했다.

　이 세법개정안이 그대로 통과되면 제주시농협 ·제주감귤농협 ·제주축산농협· 제주양돈농협 등 대규모 조합법인은 일반 법인과 동일한 법인세 적용을 받는다. 현행 조합법인 법인세율은 당기순이익에 따라 과세표준 20억원 이하 9% 20억원 초과 12%를 구간별로 적용하고 있는데 평균적으로 일반 법인의 절반 수준이다. 예를 들면 당기순이익 30억원을 낸 조합법인의 경우 20억원까지 법인세 9%를 적용하고, 20억원을 초과한 10억원에 대해서는 12%를 부과한다.

　반면 일반법인의 경우 당기순이익이 2억원까지 10%, 2억원 초과 200억원 이하 20%, 200억원 초과 3000억 이하 22%, 3000억원 초과 25% 등 4단계로 구분돼 있다. 조합법인에 이 같은 기준을 적용하면 세부담금이 가중된다.

　이에 따라 제주시농협 ·제주감귤농협 ·제주축산농협 · 제주양돈농협 등은 연간 10억 8000여만원을 추가로 부담하게 된다.

　농협중앙회 제주지역본부 관계자는 "현재 정부가 조세특례제한법에서 대규모 조합법인을 과세특례에서 제외했지만 여야 국회원들이 조합법인 과세특례 연장법안을 발의했고 농축협 조합법인들도 과세특례를 현행 그대로 연장해 줄 것을 건의한 상태"라며 "국회 기획재정위원회 조세소위에서 과세 특례가 연장되길 기대하고 있다"고 말했다.